Sistem ini menggunakan air untuk menyerap panas dari pendingin. Prinsip operasinya mirip dengan sistem pendingin mobil. Di bagian atas CPU terdapat blok air dengan beberapa sirip tembaga/aluminium yang berfungsi sebagai heat sink, menyerap panas dari CPU. Tapi bilah ini ditempatkan di balok yang diisi dengan air. Di blok ini ada dua saluran, satu untuk masuk air dan satu untuk keluar air. Nah, panas di ujung radiator diserap oleh air, yang kemudian mengalir dari pipa air ke bak atau tangki melalui pipa air. Air ini kemudian didinginkan oleh kipas pendingin yang dipasang di tangki.
Air dingin kemudian dipompa ke tangki dari tangki melalui pipa air dan kemudian air yang bersirkulasi yang digunakan untuk mendinginkan pendingin diganti dengan pompa air listrik kecil di blok air. Jadi air ini disirkulasikan untuk mendinginkan pendingin kemudian dikembalikan ke tangki dimana air panas ini didinginkan oleh kipas angin.

Karena jarak antara blok air dan tangki dapat fleksibel hingga 3 meter, ini berarti tidak ada motor kipas di komputer. Motor kipas pendingin tangki dan pompa air listrik kecil dapat diatur secara terpisah dari komputer. Hal ini membuat sistem komputer lebih lancar.